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Gènes architectes et horloges du développement

3 juillet 2010, 10:00, par Robert Paris

Il y a effectivement débat entre scientifiques sur le nombre de gènes.

Mais rappelons que l’essentiel n’est pas là.

Il est dans le nombre de schémas d’interactions en cascades possibles.

L’homme n’a pas tant de gènes que ça !
Combien de gènes comporte le génome humain ? Suite à l’annonce de deux études (une française et une américaine) publiées dans le même numéro de Nature Genetics*, il apparaît que l’homme a beaucoup moins de gènes que prévu. 30 000 au lieu des 150 000 attendus ! C’est ce que révèle une étude faite à partir d’un poisson, le Tetraodon nigoviridis.

Alors que des compagnies privées annoncent la liste prochaine de quelques 100 000 gènes, l’étude du Pr. Weissenbach, directeur général de Genoscope, centre national français de séquençage du génome impliqué dans le projet public international Human Genome Project (consortium de laboratoires publics) revoit sérieusement à la baisse le nombre de gènes que contient notre ADN.
Une controverse scientifique entre généticiens
Selon lui, "le génome de l’homme contient entre 28 000 et 34 000 gènes ". Mais entre surenchère et minimalisme, d’où vient une telle différence d’estimation ? Pourquoi ne dispose-t-on pas aujourd’hui de chiffres plus fiables sur ce qui nous caractérise génétiquement ?
" La fourchette la plus fréquemment avancée faisait état d’un nombre de gènes oscillant entre 60 000 et 150 000 gènes. Une telle disparité s’explique par l’absence de méthode d’évaluation fiable. " déclare le Pr. Weissenbach, qui estime que "les incertitudes concernant le nombre de gènes prévus sont certainement issues des procédés d’analyse de la séquence qui peuvent grandement différer entre les différentes études. Certaines études essaient de réassembler de petits fragments provenant des produits d’expression des gènes (les ARN messagers). Ces assemblages sont très délicats, il est très difficile de réunir en un seul groupe tous les petits fragments correspondant à un seul gène, d’où une surestimation. "
Faisant table rase des méthodes prédictives par trop imprécises, l’équipe de Jean Weissenbach a défini un autre procédé afin d’approcher au mieux une estimation réelle.
Cette méthode dite de conservation des séquences porte sur l’analyse de 30% de la séquence du génome – dit compact – d’un poisson, Tetraodon nigroviridis et de la comparaison de cette séquence avec les 42% du génome humain décrypté lors de la mise en route de l’analyse. Mais en quoi un petit poisson vorace et carnivore au sourire chevalin pourrait-il nous amener à une meilleure connaissance de notre patrimoine génétique ?
Cette évaluation part du principe simple selon lequel les vertébrés (poissons, batraciens, oiseaux, mammifères, etc.) ont tous un ancêtre commun. Au cours de l’évolution, la différenciation entre ces différentes espèces conserve certaines parties du patrimoine génétique de cet ancêtre originel. Les séquences d’ADN conservées sont celles qui correspondent à une fonction biologique qui ne doit pas être perdue : ce sont les gènes.
" La séparation au cours de l’évolution entre les poissons et nous se situe approximativement il y a 400 millions d’années. Ce laps de temps facilite les comparaisons. La comparaison avec le génome de la mouche est plus difficile car les espèces se sont séparées depuis plus longtemps." poursuit le Pr. Weissenbach.
Donc, entre l’homme et le poisson subsistent des séquences d’ADN communes, pour l’essentiel des gènes responsables de la fabrication d’une protéine. Selon l’expert français, "nous avons observé que notre collection de séquences de poisson détectait de manière constante une fraction de 2/3 des gènes sur différents ensembles de gènes test. Nous estimons que nous sommes capables de détecter cette fraction dans n’importe quel ensemble de séquences humaines et avons donc appliqué cette analyse aux données alors disponibles sur le génome humain (environ 42%). Nous en déduisons que le nombre total de gènes humains se situe entre 28 000 et 34 000".

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