Une suggestion scientifique pour vacciner la population contre le coronavirus : lui inoculer un rhinovirus !!!
22 mars 2020, 14:44, par A.M.
L’intérêt précoce pour le potentiel d’interférence entre des groupes taxinomiquement distincts de virus respiratoires est né d’observations épidémiologiques des tendances temporelles de l’infection dans les épidémies de virus respiratoires (9⇓ – 11). Plus récemment, la pandémie du virus de la grippe A (IAV) de 2009 a stimulé l’intérêt pour les interactions épidémiologiques entre les virus respiratoires. Il a été postulé que le rhinovirus (RV) pouvait avoir retardé l’introduction du virus pandémique en Europe (12, 13), alors que le virus pandémique pouvait, à son tour, interférer avec les épidémies de virus respiratoire syncytial (RSV) (14, 15) . Des études cliniques utilisant des données de co-infection issues de tests diagnostiques ont également suggéré une interférence virus-virus à l’échelle de l’hôte (13, 16, 17).
Le rôle de l’immunité adaptative dans la conduite d’interférences virales qui modifient la dynamique de population de souches virales antigéniquement similaires est bien connu (18, 19). Par exemple, on pense que l’immunité croisée induite par les anticorps restreint la diversité des souches du virus de la grippe, entraînant un remplacement séquentiel des souches au fil du temps (20). De telles interactions virales provoquées par des anticorps pourraient même façonner les schémas temporels du RSV, du virus parainfluenza humain (PIV) et des infections au métapneumovirus humain (MPV), qui sont taxonomiquement regroupés dans la même famille de virus (21). Cependant, en ce qui concerne les groupes de virus antigéniquement éloignés, les mécanismes sont obscurs, bien que la variété des possibilités inclut l’immunité innée, la compétition pour les ressources et d’autres processus cellulaires (22⇓⇓ – 25). Des modèles expérimentaux récents de co-infections de virus respiratoires ont démontré plusieurs effets induits par l’interaction, d’une croissance virale améliorée (26) ou réduite (22, 23) à l’atténuation de la maladie (23, 24). Il a également été démontré que la fusion cellulaire induite par certains virus peut améliorer la réplication d’autres dans les co-infections (26).
Cependant, malgré des indications épidémiologiques, cliniques et expérimentales d’interactions entre les virus respiratoires, des preuves quantitativement solides font défaut. De telles preuves ont été difficiles à obtenir, en raison du manque de données chronologiques épidémiologiques dérivées de manière cohérente sur une période de temps suffisante pour fournir des analyses bien alimentées, et du manque d’approches analytiques pour différencier les véritables interactions virus-virus des autres facteurs de coseasonalité , comme les profils de mélange des hôtes en fonction de l’âge (27, 28) et les facteurs environnementaux associés à la survie et à la transmission du virus (29⇓ – 31). Par conséquent, les études évaluant les interactions virus-virus à partir de séries chronologiques épidémiologiques n’ont jusqu’à présent pas pris en compte de tels facteurs alternatifs de coseasonalité....
Pendant la pandémie de grippe, la prévalence globale des infections virales chez les patients est restée globalement stable en raison d’une baisse simultanée de la contribution des virus non grippaux à la charge totale d’infection (figure 1B). Tout au long de la période d’étude de 9 ans, en raison des fluctuations saisonnières de l’ampleur et du moment des pics de prévalence des virus individuels (figure 2), le virus dominant a varié d’un mois à l’autre (figure 1B).
Pour déduire les interactions virus-virus au niveau des hôtes individuels, nous avons appliqué une régression logistique binaire multivariable aux dossiers de diagnostic des patients infectés par le virus. Nous avons conçu notre analyse pour éliminer l’influence du biais de Berkson, qui peut conduire à des rapports de cotes (OR) faussement grands ou petits lors de la déduction d’associations maladie-maladie à partir de données cas-témoins en milieu hospitalier (33). Pour tenir compte de toute influence de ce biais de sélection potentiel, nous avons limité notre analyse au sous-ensemble de patients positifs pour le virus (voir Méthodes pour plus de détails).
Nous déduisons les signatures des interactions virus-virus à partir des schémas non aléatoires de mélange de virus capturés par les informations de co-infection en évaluant si la propension d’un virus donné X à co-infecter avec un autre virus Y était supérieure, inférieure ou égale à la propension globale de tout (restant ) groupe de virus à co-infecter avec le virus Y. Nous avons ajusté les effets de l’âge, du sexe, de l’origine du patient (hôpital par rapport à la médecine générale) et de la période de temps (en ce qui concerne les 3 grandes vagues de la pandémie d’IAV de 2009). Pour distinguer les interactions entre les virus explicatifs et les virus de réponse des changements saisonniers non liés du risque d’infection, nous avons également ajusté la prévalence de fond mensuelle des infections à virus de réponse...
Dans cette étude, nous avons démontré la présence et examiné la nature des interactions virus-virus aux niveaux épidémiologique et individuel de l’hôte en examinant les résultats diagnostiques de patients qui ont été testés simultanément pour 11 virus respiratoires. Notre étude fournit le soutien quantitatif le plus complet à ce jour pour l’existence d’interactions entre des groupes taxonomiquement larges de virus respiratoires, en s’appuyant sur des travaux antérieurs sur les interactions pathogène-pathogène dans le contexte de la faune (37), des maladies infantiles (1, 38), et écologie communautaire (39, 40). Nous révélons un support statistique pour l’existence d’interactions interspécifiques positives et négatives entre les virus respiratoires à la fois à l’échelle de la population et de l’hôte individuel. Nos résultats étendent les paradigmes établis qui se sont concentrés sur les relations bactéries – bactéries et bactéries – virus (5) jusqu’au cas virus – virus et démontrent que les interactions entre les virus respiratoires ne se limitent pas aux formes d’interférence compétitive décrites précédemment (21).
En étudiant les profils de co-infection de patients individuels, nos analyses soutiennent une interférence entre les virus grippaux et non grippaux opérant à l’échelle de l’hôte. Cette découverte confirme le rôle potentiel de l’immunité innée, comme par le biais de l’action antivirale de l’IFN, comme l’avaient postulé les premières discussions sur les interactions virus-virus (25, 41). En capturant cette interférence potentiellement à médiation immunitaire dans des simulations mathématiques représentant la cocirculation d’un virus pseudo-grippal saisonnier et d’un virus pseudo-rhume commun omniprésent, nous avons démontré qu’un effet protecteur de courte durée, tel que celui induit par l’IFN (25), est suffisante pour induire les modèles saisonniers asynchrones observés que nous observons pour IAV et RV (Fig. 2A). De nombreux facteurs pourraient contribuer aux interférences observées à l’échelle de la population par l’élimination des hôtes sensibles (1, 38). De tels effets agiront probablement sur une échelle de temps (de l’ordre de quelques jours à quelques semaines) similaire à notre mécanisme biologique proposé et pourraient donc agir alternativement ou en tandem pour générer des interactions épidémiologiques.
Nous avons détecté une autre interaction négative au niveau de la population entre IBV / AdV qui n’a pas été corroborée à l’échelle de l’hôte individuel. Alors que l’IBV a un schéma saisonnier (quoique incohérent), atteignant généralement un pic en hiver, l’AdV culmine généralement autour de mai. Cependant, comme notre modèle hiérarchique bayésien s’ajuste à la saisonnalité des virus sur une base mensuelle, ce ne sont pas les différences saisonnières qui expliquent la relation négative entre cette paire de virus. En l’absence de moteur saisonnier ou de mécanisme à l’échelle de l’hôte, il est possible que le manque de cooccurrence d’IBV et d’AdV soit expliqué par d’autres moteurs écologiques. Par exemple, la convalescence ou l’hospitalisation induite par un virus peut réduire le groupe sensible à risque d’exposition à d’autres virus, comme cela a été discuté précédemment par d’autres dans le contexte des maladies infantiles (1, 38).
Les virus IAV et IBV ne présentaient que des interactions négatives aux niveaux de l’hôte et de la population, bien que les spécificités diffèrent. Qu’ils diffèrent dans leurs interactions par paires exactes n’est pas surprenant si l’on considère que ces virus sont antigéniquement distincts, constituent différents genres taxonomiques et présentent des taux d’évolution virale différents (20, 42), ainsi que des différences dans leurs répartitions d’âge respectives de l’infection et certains aspects. de présentation clinique (43, 44). De plus, ces virus présentent des schémas de co-circulation incohérents (45⇓ – 47) (voir également l’annexe SI, Fig. S1) et leur cooccurrence avec d’autres virus respiratoires devrait donc varier. Sur la base de ces différences entre l’IAV et l’IBV, il est possible que leurs relations écologiques avec d’autres virus aient évolué différemment.
L’intérêt précoce pour le potentiel d’interférence entre des groupes taxinomiquement distincts de virus respiratoires est né d’observations épidémiologiques des tendances temporelles de l’infection dans les épidémies de virus respiratoires (9⇓ – 11). Plus récemment, la pandémie du virus de la grippe A (IAV) de 2009 a stimulé l’intérêt pour les interactions épidémiologiques entre les virus respiratoires. Il a été postulé que le rhinovirus (RV) pouvait avoir retardé l’introduction du virus pandémique en Europe (12, 13), alors que le virus pandémique pouvait, à son tour, interférer avec les épidémies de virus respiratoire syncytial (RSV) (14, 15) . Des études cliniques utilisant des données de co-infection issues de tests diagnostiques ont également suggéré une interférence virus-virus à l’échelle de l’hôte (13, 16, 17).
Le rôle de l’immunité adaptative dans la conduite d’interférences virales qui modifient la dynamique de population de souches virales antigéniquement similaires est bien connu (18, 19). Par exemple, on pense que l’immunité croisée induite par les anticorps restreint la diversité des souches du virus de la grippe, entraînant un remplacement séquentiel des souches au fil du temps (20). De telles interactions virales provoquées par des anticorps pourraient même façonner les schémas temporels du RSV, du virus parainfluenza humain (PIV) et des infections au métapneumovirus humain (MPV), qui sont taxonomiquement regroupés dans la même famille de virus (21). Cependant, en ce qui concerne les groupes de virus antigéniquement éloignés, les mécanismes sont obscurs, bien que la variété des possibilités inclut l’immunité innée, la compétition pour les ressources et d’autres processus cellulaires (22⇓⇓ – 25). Des modèles expérimentaux récents de co-infections de virus respiratoires ont démontré plusieurs effets induits par l’interaction, d’une croissance virale améliorée (26) ou réduite (22, 23) à l’atténuation de la maladie (23, 24). Il a également été démontré que la fusion cellulaire induite par certains virus peut améliorer la réplication d’autres dans les co-infections (26).
Cependant, malgré des indications épidémiologiques, cliniques et expérimentales d’interactions entre les virus respiratoires, des preuves quantitativement solides font défaut. De telles preuves ont été difficiles à obtenir, en raison du manque de données chronologiques épidémiologiques dérivées de manière cohérente sur une période de temps suffisante pour fournir des analyses bien alimentées, et du manque d’approches analytiques pour différencier les véritables interactions virus-virus des autres facteurs de coseasonalité , comme les profils de mélange des hôtes en fonction de l’âge (27, 28) et les facteurs environnementaux associés à la survie et à la transmission du virus (29⇓ – 31). Par conséquent, les études évaluant les interactions virus-virus à partir de séries chronologiques épidémiologiques n’ont jusqu’à présent pas pris en compte de tels facteurs alternatifs de coseasonalité....
Pendant la pandémie de grippe, la prévalence globale des infections virales chez les patients est restée globalement stable en raison d’une baisse simultanée de la contribution des virus non grippaux à la charge totale d’infection (figure 1B). Tout au long de la période d’étude de 9 ans, en raison des fluctuations saisonnières de l’ampleur et du moment des pics de prévalence des virus individuels (figure 2), le virus dominant a varié d’un mois à l’autre (figure 1B).
Pour déduire les interactions virus-virus au niveau des hôtes individuels, nous avons appliqué une régression logistique binaire multivariable aux dossiers de diagnostic des patients infectés par le virus. Nous avons conçu notre analyse pour éliminer l’influence du biais de Berkson, qui peut conduire à des rapports de cotes (OR) faussement grands ou petits lors de la déduction d’associations maladie-maladie à partir de données cas-témoins en milieu hospitalier (33). Pour tenir compte de toute influence de ce biais de sélection potentiel, nous avons limité notre analyse au sous-ensemble de patients positifs pour le virus (voir Méthodes pour plus de détails).
Nous déduisons les signatures des interactions virus-virus à partir des schémas non aléatoires de mélange de virus capturés par les informations de co-infection en évaluant si la propension d’un virus donné X à co-infecter avec un autre virus Y était supérieure, inférieure ou égale à la propension globale de tout (restant ) groupe de virus à co-infecter avec le virus Y. Nous avons ajusté les effets de l’âge, du sexe, de l’origine du patient (hôpital par rapport à la médecine générale) et de la période de temps (en ce qui concerne les 3 grandes vagues de la pandémie d’IAV de 2009). Pour distinguer les interactions entre les virus explicatifs et les virus de réponse des changements saisonniers non liés du risque d’infection, nous avons également ajusté la prévalence de fond mensuelle des infections à virus de réponse...
Dans cette étude, nous avons démontré la présence et examiné la nature des interactions virus-virus aux niveaux épidémiologique et individuel de l’hôte en examinant les résultats diagnostiques de patients qui ont été testés simultanément pour 11 virus respiratoires. Notre étude fournit le soutien quantitatif le plus complet à ce jour pour l’existence d’interactions entre des groupes taxonomiquement larges de virus respiratoires, en s’appuyant sur des travaux antérieurs sur les interactions pathogène-pathogène dans le contexte de la faune (37), des maladies infantiles (1, 38), et écologie communautaire (39, 40). Nous révélons un support statistique pour l’existence d’interactions interspécifiques positives et négatives entre les virus respiratoires à la fois à l’échelle de la population et de l’hôte individuel. Nos résultats étendent les paradigmes établis qui se sont concentrés sur les relations bactéries – bactéries et bactéries – virus (5) jusqu’au cas virus – virus et démontrent que les interactions entre les virus respiratoires ne se limitent pas aux formes d’interférence compétitive décrites précédemment (21).
En étudiant les profils de co-infection de patients individuels, nos analyses soutiennent une interférence entre les virus grippaux et non grippaux opérant à l’échelle de l’hôte. Cette découverte confirme le rôle potentiel de l’immunité innée, comme par le biais de l’action antivirale de l’IFN, comme l’avaient postulé les premières discussions sur les interactions virus-virus (25, 41). En capturant cette interférence potentiellement à médiation immunitaire dans des simulations mathématiques représentant la cocirculation d’un virus pseudo-grippal saisonnier et d’un virus pseudo-rhume commun omniprésent, nous avons démontré qu’un effet protecteur de courte durée, tel que celui induit par l’IFN (25), est suffisante pour induire les modèles saisonniers asynchrones observés que nous observons pour IAV et RV (Fig. 2A). De nombreux facteurs pourraient contribuer aux interférences observées à l’échelle de la population par l’élimination des hôtes sensibles (1, 38). De tels effets agiront probablement sur une échelle de temps (de l’ordre de quelques jours à quelques semaines) similaire à notre mécanisme biologique proposé et pourraient donc agir alternativement ou en tandem pour générer des interactions épidémiologiques.
Nous avons détecté une autre interaction négative au niveau de la population entre IBV / AdV qui n’a pas été corroborée à l’échelle de l’hôte individuel. Alors que l’IBV a un schéma saisonnier (quoique incohérent), atteignant généralement un pic en hiver, l’AdV culmine généralement autour de mai. Cependant, comme notre modèle hiérarchique bayésien s’ajuste à la saisonnalité des virus sur une base mensuelle, ce ne sont pas les différences saisonnières qui expliquent la relation négative entre cette paire de virus. En l’absence de moteur saisonnier ou de mécanisme à l’échelle de l’hôte, il est possible que le manque de cooccurrence d’IBV et d’AdV soit expliqué par d’autres moteurs écologiques. Par exemple, la convalescence ou l’hospitalisation induite par un virus peut réduire le groupe sensible à risque d’exposition à d’autres virus, comme cela a été discuté précédemment par d’autres dans le contexte des maladies infantiles (1, 38).
Les virus IAV et IBV ne présentaient que des interactions négatives aux niveaux de l’hôte et de la population, bien que les spécificités diffèrent. Qu’ils diffèrent dans leurs interactions par paires exactes n’est pas surprenant si l’on considère que ces virus sont antigéniquement distincts, constituent différents genres taxonomiques et présentent des taux d’évolution virale différents (20, 42), ainsi que des différences dans leurs répartitions d’âge respectives de l’infection et certains aspects. de présentation clinique (43, 44). De plus, ces virus présentent des schémas de co-circulation incohérents (45⇓ – 47) (voir également l’annexe SI, Fig. S1) et leur cooccurrence avec d’autres virus respiratoires devrait donc varier. Sur la base de ces différences entre l’IAV et l’IBV, il est possible que leurs relations écologiques avec d’autres virus aient évolué différemment.
Source de ces extraits en anglais